萨满教是蒙古族最初始的信仰，随着蒙古帝国的建立，治下土地和民族不断增多，萨满教的原始性、落后性被不断曝光。可是中世纪是个神权的时代，任何一个封建政权都需要神的支持。一时间，蒙古汗庭成了伊斯兰教、基督教、道教、佛教等各个宗教游说、布道的场所。

按理说，蒙古帝国新征服的土地中有很大一部分处于伊斯兰文化圈内，西域亲军为帝国开疆拓土，穆斯林商人凭借着高超的商业才能深受统治者的信任。最重要的是与蒙古人有血亲关系的突厥人西迁后全部皈依了伊斯兰教，有着这样一个天然的纽带，蒙古人为何最终弃伊斯兰教而去，选了藏传佛教呢？

在成吉思汗时期，蒙古统治者对宗教保持着开放的态度，希望他们能够在公开、公平的环境中竞争出一个优胜者。遗憾的是时至今日，人类也没有发展出一个能够被欧亚大陆人民普遍接受的文明。

经过几代大汗的观察与选择，被寄予厚望的伊斯兰教最终因为蒙古帝国的分裂，而被排除在外。从成吉思汗去世，到忽必烈建立元朝，蒙古帝国实质上已经一分为四，大汗不过是名义上的宗主，忽必烈也就没有必要寻找一个能够驾驭帝国全境的文明。

元朝建立后，忽必烈的统治重心开始转入汉地，然而伊斯兰教严格的教规教法不仅与蒙古习俗有着矛盾与冲突，更与中原文明有着尖锐的对立。如果用国家行政的强制力量，迫使占人口绝大多数的汉族、藏族等其他民族放弃自己的习俗，显然是极其危险的举动。

相比于其他宗教，藏传佛教与蒙古的萨满教有诸多相同之处。藏传佛教实际上是印度佛教与藏地原始宗教——苯教的结合。原始宗教的特点是没有完整的神系、教义和仪轨，本质上是人类对世界的朴素认知，彼此之间有很多相同之处。藏传佛教保留了大量原始宗教的色彩，但是神学理论却又远远高于萨满教，因此蒙古统治者们更容易接受藏传佛教。

从政治上来讲，藏传佛教控制着西藏、青海和甘肃部分地区，这里地形险要、民风剽悍，征服和治理的成本非常高，利用宗教的影响力进行治理无疑是最经济、最有效的办法。

同时汉传佛教，也就是禅宗传入中原多年，信徒众多，势力极大，且与儒家和道教有着长期的融合，彼此之间已经能够和谐共存。藏传佛教虽然与汉传佛教不同，但同属佛教体系，引入中原不至于激起文化上的剧烈冲突。

在忽必烈的积极推动下，藏传佛教被元朝定为“国教”，在政治和经济上给予喇嘛各种特权，同时在西藏建立政教合一政权，交由萨迦法王管理。不过此时藏传佛教的传播仅限于蒙古统治阶层，完全普及开来，要等到明朝时的阿勒坦汗。

十六世纪，达延汗再次统一了草原，实现了蒙古中兴。他利用萨满教“天赋汗权”和中原的嫡长子继承制理论，确保蒙古大汗只能在黄金家族中流传。然而到了十六世纪中叶，达延汗之孙，土默特部的阿勒坦汗势力不断壮大，但按照达延汗建立的传承体系，他永远只能做大汗的“藩屏”。

1577年，阿勒坦汗在青海的哲蚌寺与藏传佛教格鲁教派领袖索南嘉措举行会晤。索南嘉措将格鲁派的“转世”理论传入蒙古，宣布他与阿拉坦汗为八思巴和忽必烈的转世。既然是忽必烈的转世，阿勒坦汗僭越称汗就有了合法性。

在阿勒坦汗的带动下，蒙古诸王纷纷进藏熬茶，捐献巨额布施，来换取宗教称号和前世身份，从而解决自身统治的合法性问题。宗教理论与蒙古封建势力相结合，藏传佛教在蒙古社会的传播才进入快车道，而蒙古大汗的权威也因此迅速衰落。

不过藏传佛教能够被普通牧民所接受，最重要的还是蒙古旷日持久的内讧与战争让牧民的生活苦不堪言。佛教进入牧区后，主张废除萨满教需要消耗大量牲畜和财物的血祭等仪式，同时宣扬“轮回”、“众生平等”和“人人皆可成佛”等思想，让他们变了逆来顺受，将希望寄托于来世。

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